在科比和奥尼尔这对出色的中后卫组合的带领下，湖人队成为了总冠军的有力争夺者。菲尔·杰克逊利用他在芝加哥公牛队夺得六次总冠军的三角进攻，帮助湖人队成为一支NBA总冠军级别的球队，2000年、2001年和2002年三连冠就是明证。1999-2000赛季初，科比在季前赛对阵华盛顿奇才队的比赛中因右手受伤而被迫缺席了6周。重返球场后的科比在1999-2000赛季场均出场时间超过38分钟，各项技术统计都有所提升。其中场均助攻和抢断均为队内最高。随着奥尼尔和科比的回归，加上强大的替补阵容，湖人队拿下了NBA历史上第五高的常规赛胜场数——67场。奥尼尔荣膺常规赛MVP，而科比则首次入选NBA最佳阵容第二队和NBA最佳防守阵容第一队（成为获此殊荣最年轻的球员）。科比虽然在季后赛中只是担任二当家，但在西部决赛对阵波特兰开拓者队的第7场比赛中，他却打出了25分11篮板7助攻4盖帽的全面表现，最终与奥尼尔在空中配合拿下西部决赛系列赛胜利。在对阵印第安纳步行者队的总决赛第二场第二节比赛中，科比脚踝扭伤，缺席了那场比赛的剩余比赛和第三场比赛。
第 4 场比赛，在奥尼尔犯规下场的情况下，科比在下半场独得 22 分，带领湖人队进入加时赛。科比投中制胜一球，湖人队以 120 比 118 领先。凭借第 6 场比赛的胜利，湖人队赢得了自 1988 年以来的第一个 NBA 总冠军。2000-01 赛季，科比的数据与上赛季非常相似，只是他的场均得分高出 6 分（场均 28.5 分）。但这也是科比和奥尼尔之间的矛盾开始显现的一年，他再次以场均 5 次助攻领衔球队。尽管本赛季湖人队只赢了 56 场比赛，比上赛季少了 11 场，但他们在季后赛中取得了 15 胜 1 负的优异战绩。他们轻松横扫了波特兰开拓者队、萨克拉门托国王队和圣安东尼奥马刺队，直到总决赛加时赛输给费城76人队。他们随后连赢4场比赛，第二次将总冠军奖杯带回洛杉矶。科比在季后赛中出场时间很多，场均得分提高到29.4分、7.3个篮板和6.1次助攻。在季后赛中，奥尼尔宣称科比是联盟最佳球员。科比连续第二年入选NBA最佳阵容第二队和最佳防守阵容。此外，他还连续三年入选全明星首发阵容（1999年没有全明星赛）。2001-02赛季，科比职业生涯首次出战80场比赛。他延续了全能的表现，场均得到25.2分、5.5个篮板和5.5次助攻。
科比的投篮命中率也达到了职业生涯最高的46.9%，并再次成为球队的助攻王。除了再次入选全明星阵容和最佳防守阵容外，科比还职业生涯首次入选最佳第一阵容。湖人队常规赛取得58场胜利，仅次于国王队，排名太平洋赛区第二。总决赛之路比往年艰难得多，虽然在季后赛横扫了开拓者队，并以4-1战胜了马刺队，但湖人队在对阵国王队的比赛中失去了主场优势。这个系列赛打到了七场，这也是自2000年季后赛西部决赛以来的首次。最终，湖人队击败了分区对手，连续第二次进入总决赛。 2002年总决赛，科比场均砍下26.8分，命中率51.4%，篮板5.8个，助攻5.3次，占球队得分的1/4。23岁的科比成为史上最年轻的三连冠球员。科比在第四节的表现抢眼，备受赞誉，尤其是在季后赛最后两轮。科比的荣誉纪录2016年6月21日，科比将于7月的儿童选择奖颁奖典礼上领取体育传奇奖。北京时间2016年1月22日，2016年NBA全明星赛投票结果正式公布，37岁的科比最终获得全票冠军。但如果把球员整个职业生涯的全明星票数计算的话，科比的全明星票数高居历史第一，“大鲨鱼”奥尼尔和勒布朗詹姆斯分列第二、第三位，姚明进入历史前十。
21世纪前10年最佳NBA球员 2016年2月4日，2016年全明星实力排行榜出炉，科比位列第24位。 2016年3月13日，NBA官网公布了新的老将排名，文斯·卡特位列第九位。 2016年3月27日，NBA官方公布了最新老将排名，科比位列第九位。 2016年6月1日，100位著名运动员榜单公布，科比位列第11位。 2016年6月9日，福布斯公布了2016年全球赚钱能力最强的10位运动员，科比布莱恩特位列第十位。 2016年6月9日，福布斯发布运动员收入榜，科比位列第十位。 2016年6月21日，福克斯体育列出了赛季总决赛MVP表现最差的前5名，科比位列第二。2016年7月8日，NBA官方公布了第二季度（4月至6月）球员球衣销量排名，科比位列第三。2017年1月29日，NBA官方公布了2015-2016赛季NBA球衣在中国的销量排名，科比位列第一。2016年7月，科比荣获美国儿童选择奖的体育传奇奖，并与另外两位传奇运动员一起获得最佳偶像奖。北京时间7月15日，科比出席尼克儿童选择奖颁奖典礼，因现场被泼油漆变身金人。 2016年8月5日，NBA球员工会公布了2015-16赛季各大奖项，科比·布莱恩特荣获全球最具影响力球员奖。2016年9月3日，休赛期NBA球衣销量排行榜出炉，科比·布莱恩特位列第7位。
